بررسی ژنوتیپ ویروس بیماری نیوکاسل دخیل در سه گله گوشتی شهرستان گرمسار با استفاده از سکانس ژن F

مقدمه: یکی از شایع ترین بیماری ها در صنعت طیور نیوکاسل می باشد. در اﯾﺮان ﺑﯿﻤﺎری ﻧﯿﻮﮐﺎﺳﻞ ﺑﺮای اوﻟﯿﻦ ﺑﺎر در ﺳﺎل 1329 ﺑﻪ ﻃﻮر دﻗﯿﻖ و آزﻣﺎﯾﺸﮕﺎﻫﯽ ﺗﺸﺨﯿﺺ داده ﺷﺪ. از اﯾﻦ رو ﺑﯿﻤﺎری ﻃﯽ ﻣﺪت ﮐــﻮﺗﺎﻫﯽ در ﺳﺎﯾﺮ اﺳﺘﺎن ﻫﺎی ﮐﺸﻮر ﺷﯿﻮع ﯾﺎﻓﺖ و ﺑﻪ ﺧﻮﺑﯽ در اﯾﺮان ﻣﺴﺘﻘﺮ ﮔﺮدﯾﺪ. ﺑﻪ ﻃﻮری ﮐﻪ از آن ﻫﻨﮕﺎم ﺗﺎﮐﻨﻮن اﯾﻦ ﺑﯿﻤﺎری ﯾﮑﯽ از ﻣﻬﻢ ﺗﺮﯾﻦ آﻓﺎت صنعت طیور ﮐﺸﻮر ﺑﻪ ﺷﻤﺎر ﻣﯽ آﯾﺪ. روش کار: طی بررسی های صورت گرفته، اقدام به اخذ نمونه سوآب از سه گله که سابقه درگیری با ویروس نیوکاسل را داشته اند، گردید. بعد از ارسال نمونه ها با آزمایشگاه و تایید حضور ویروس نیوکاسل محصول PCR خالص شده و به منظور تعیین توالی به صورت دو طرفه به آزمایشگاه Bioneer کره جنوبی ارسال شد. تعیین توالی توسط ABI Prism BigDye Terminator Cycle sequencing Ready Reaction Kit و به روش اتوماتیک انجام گرفت. بحث و نتیجه گیری: یکی از راه های تعین حدت جدایه های ویروس نیوکاسل، بررسی  ژن  F در ناحیه شکافت می باشد (F0تبدیل به F1  و F2 ). طی بررسی های انجام شده در این تحقیق، با استفاده از پرایمر های اختصاصی ژن F توسط RT-PCR  از دو گله ویروس virulent نیوکاسل جدا گردید. جدایه ها بر اساس توالی و تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک بخشی از ژن F توسط RT-PCR مورد بررسی قرار گرفتند. آنالیز فیلوژنتیک با استفاده از برنامه MEGA و رسم درخت فیلوژنی با هزار بار تکرار جهت صحت درخت فیلوژنی، انجام شد. نتایج آنالیز فیلوژنتیک نیز نشان می دهد که جدایه جدا گردیده عامل بیماری نیوکاسل در فارم های گوشتی شهرستان گرمسار، ژنوتیپ VIId می باشد که توالی آنتی ژنی ژن F در جایگاه 112 تا 116 توالی  RRQKR  (آرژنین، آرژنین، گلوتامین، لیزین، آرژنین)و در جایگاه 117 شاهد حضور F (فنیل آلانین) می باشیم.