قدم اول در یک جراحی موفق یک پروتکل بیهوشی سالم وموثر خارج از آب است. داروهای زیادی برای بیهوشی ماهیان به کار گرفته می شود از جمله این موارد: اتانول، دی اتیل اتر، هالوتان، لیدوکائین، تری کایین متان سولفات ،عصاره میخک،کتامین، متومیدات، پروپوفل و کربن دی اکسید است. داروی رایج در ایران عصاره میخک و PI222 است. ، بیهوشی به دو شکل استنشاقی و تزریقی در ماهی انجام می شود . در بیهوشی استنشاقی ماده بیهوشی به تانک حاوی آبی که PH و اکسیژن مناسب دارد اضافه می شود. و ماهی با رسیدن به سطح مناسب از بیهوشی از آب خارج می شود. در این دسته دو دارو تری کایین متان سولفات و اسانس فرآوری شده میخک قرار دارند.بیهوشی استشاقی به دو دسته کوتاه و بلند مدت تقسیم می شود. گاهی بیهوشی استنشاقی ممکن نیست مثلا در بعضی گونه های بسیار بزرگ نمی توان فضایی برای تانک بیهوشی در نظر گرفت و یا در مورد تن ماهیان نمی توان آنها را در اسارت نگه داشت.در این موارد تجویز دارو به صورت تزریقی کاربرد دارد که به صورت عضلانی در dorsolateral و در عضلات پشتی تا خط جانبی صورت می گیرد.ولی این روش ممکن است ایده آل نباشد. داروهای این دسته نیز شامل کتامین و پروپوفل است.
)