فاژها در سراسر دستگاه گوارش تمام حیوانات وجود دارند و در شکمبه نشخوارکنندگان هم جمعیت متراکمی از باکتریوفاژها و آرکیباکتریوفاژها مستقر شدهاند. بشر از سال 1960 پس از میلاد به وجود این ویروسها در شکمبه پی برد و بین سالهای 1980 تا 1990 میلادی مطالعات بیشتری روی آنان صورت گرفت. عملکرد این ویروسها در شکمبه متنوع بوده و دانش موجود از وجود برخی از اثرات مفید و برخی اثرات مضر ناشی از این ویروسها حکایت دارد. اثرات مضر این جمعیت شامل انتقال ژنهای توکسین میان باکتریها و کاهش مصرف خوراک در اثر بلع باکتریها و آرکیباکتریها است و اثرات مفید آنان هم شامل بالانس جمعیت باکتریایی، انتقال ژنهای مفید، فاژدرمانی و تولید برخی از آنزیمهای خاص میباشد. تا به امروز اجزاء بیولوژیک این ویروسها در حد بسیار ضعیفی شناسایی شده است اما تکنیک مولکولی واکنش زنجیرهای پلیمراز پیشرفت چشمگیری را در زمینه شناسایی سکانس ژنی آنان فراهم آورد. هر چند علم بشر در مورد این جمعیت ناچیز است اما عقاید بر این است که این ویروسها نقش مهمی را در برقراری ارتباط میان جمعیتهای میکروبی اکوسیستم شکمبه، تعادل جمعیت باکتریایی شکمبه و ایجاد جریانی برای تبادل ژنتیکی میکروارگانیسمهای داخل شکمبه ایفا مینمایند.
)