مقدمه: نئوسپورا کنینوم یک تک‌یاخته کوکسیدیایی از خانواده سارکوسیستیده است. این تک یاخته  باعث سقط جنین در گاو و فلج عصبی عضلانی در سگ ها می شود. سگ های اهلی میزبانان نهایی نئوسپورا کنینوم هستند که ازاصلی ترین انگل های قابل انتقال درگاوها می باشد. هدف ازانجام این مطالعه بررسی ملکولی آلودگی با انگل نئوسپورا کنینوم درسگ های استان اصفهان و نشان دادن اهمیت سگ به عنوان میزبان واسط و میزبان اصلی انگل می باشد. روش کار: در فاصله دی ماه تا اسفند ماه سال 9613 از 90 قلاده سگ نگهداری شده در پناهگاه اصفهان و همچنین 10 قلاده سگ خانگی نمونه مدفوع اخذ شده است. سگ های پناهگاه با میانگین سنی 3 سال و شامل 60 قلاده سگ ماده و 30 قلاده سگ نر و سگ های خانگی نیز شامل 4 قلاده سگ نر و6 قلاده سگ ماده مورد بررسی قرار گرفته اند. سگ ها به صورت تصادفی انتخاب و پس از بررسی علائم حیاتی و اطمینان از سلامت ظاهری آن ها، نمونه های مدفوع از آنها گرفته شده است. DNA متعاقبا از اووسیست های خالص شده جدا سپس ژنوم آن به وسیله آنالیز اسپکتروفوتومتر تعیین و در دمای منفی 20 درجه تا زمان استفاده در آزمایش PCR نگهداری شده است. بحث و نتیجه گیری: نتایج آزمایش PCR نشان داد که اووسیست های انگل نئوسپورا کنینوم در22 نمونه از مجموع 100 نمونه اخذ شده وجود داشته که 16 نمونه مربوط به سگ های ماده و 6 نمونه مربوط به سگ های نر بوده است. در نمونه های سگ های خانگی مورد مثبتی دیده نشده است. این نتایج میزان شیوع آلودگی بیشتر در سگ های ولگرد و سگ های گله نسبت به سگ های خانگی را نشان می دهد.  همچنین در این مطالعه اختلاف معناداری در میزان آلودگی سگ های ماده و نر دیده می شود. نتایج نهایی این تحقیق میزان بالای آلودگی با انگل نئوسپورا کنینوم درجمعیت سگ های مورد مطالعه را نشان می دهد.